La finca agropecuaria fue creada por Carlos III en 1766 bajo el ideario fisiocrático de la Ilustración. La colonia se orientó tanto a la producción como a la investigación científica y experimentación botánica. Esta ciudad rural, de trazado clásico y forma poligonal, consta de viviendas para colonos, la Casa Grande, para acoger a los reyes, una bodega cuyas galerías atraviesan el conjunto bajo tierra y un templo dedicado al patrón de los agricultores. Parte de las construcciones se deben al arquitecto Manuel Serrano
El Real Cortijo de San Isidro es el ejemplo más representativo de otras colonias dispersas en el territorio de Aranjuez: Sotomayor y la Casa de la Monta, El Deleite, Las Infantas, La Flamenca, Villamejor
Se tuvo presente en su conformación el casco urbano de Aranjuez, siguiendo la inspiración clásica y los principios de funcionalidad y racionalismo. El conjunto se dispone en el punto de fuga de una gran calle arbolada de doble hilera, en la que se abren dos vías diagonales a partir de una plaza central, dominada por la capilla de San Isidro. Son recursos de gran efectismo visual sobre la tradición manierista y barroca. De hecho, el conjunto se inscribe en la naturaleza ordenada, de tal modo que las vías arboladas que lo delimitan no se extinguen en sí mismas, sino que se prolongan en el paisaje y se ensartan, a través de sotos como El Rebollo, con las trazas renacentistas de Picotajo, con plena coherencia orgánica y funcional. Todas las nuevas calles del siglo XVIII perpetúan la doble hilera arbolada según los patrones flamencos
A partir del núcleo de la plaza se distribuyen los edificios residenciales de los colonos, donde se destacan, de modo jerárquico, los de los capataces, a modo de torres que flanquean los límites del espacio construido. La colonia se dedicó a la producción vinícola y olivarera principalmente. El riego de los cultivos es posible gracias a las conexiones entre la acequia de Colmenar y las derivaciones del caz de la Azuda, como el Caz de En Medio
Su diseño se atribuye a Jaime Marquet, con intervenciones posteriores de Manuel Serrano, a quien corresponden las principales construcciones del lugar: la bodega y la iglesia
La bodega fue iniciada en 1782. Consta de un amplio espacio, de vocabulario clásico, dividido en tres naves abovedadas. Desde el mismo se accede a las cuevas, organizadas en dos ramales abovedados de ladrillo, que conducen, bajo el poblado del Cortijo, hacia una zona de cota más baja. Aquí se abren al exterior, conformando una portada clásica, con planta en forma de exedra
La iglesia se comenzó a construir en 1777. Es de planta de cruz griega, centralizada y rematada por cúpula sobre tambor y linterna. Destaca al exterior el pórtico tetrástilo